BIVOUAC

BIVOUAC

BIopsies Virtuelles Optimisées Utilisant des Algorithmes d’IA pour le diagnostic des Cancers

Durée

2022-2023

Montant levé

Non communiqué

Ce projet a été proposé comme projet de fin d’études à l’école d’ingénieur informatique EPITA par la FHU Mosaic.

L’objectif est de contribuer à la création d’un standard en anatomie pathologique : la taille des biopsies. Cette taille doit être adaptée et suffisante afin d’établir un diagnostic et d’évaluer la sévérité de la maladie ainsi qu’à l’application d’un modèle d’IA.

L’analyse histologique repose sur l’examen microscopique des tissus / organes à partir de pièces opératoires ou de biopsies. Elle permet de faire le diagnostic, basé sur des critères morphologiques, microscopiques et moléculaires ainsi que d’appréhender le pronostic Les biopsies, obtenues à partir de prélèvements invasifs faits à l’aiguille (par le clinicien/radiologue), sont des fragments de petite taille (1 à 2 cm de long / 1-3 mm de diamètre) et donc ne reflètent qu’imparfaitement l’ensemble du processus pathologique (sévérité de la maladie, hétérogénéité intra-tumorale, …). Ainsi, la représentativité de la biopsie est un des facteurs limitants qui n’a été que peu explorée dans la littérature, probablement pour des raisons méthodologiques (multiples biopsies) non disponibles. Dans un travail précédent, nous avons évalué la performance de la biopsie hépatique pour évaluer la sévérité des lésions hépatiques au cours de l’infection par le virus de l’hépatite C en fonction de sa longueur en construisant des biopsies virtuelles à partir de résections ou transplantations hépatiques.

Il en est de même pour les modèles d’intelligence artificielle lorsqu’ils sont appliqués à des tumeurs hétérogènes. Il existe 2 grands sous type moléculaire d’adénocarcinome du pancréas qui ne sont déterminable que par séquençage du transcriptome ce qui n’est pas faisable en routine. Les données moléculaires récentes suggèrent qu’une partie des tumeurs sont hétérogènes, pouvant associer les 2 sous types et que cela impacte le pronostic. Il est donc possible qu’une biopsie, si trop petite, n’appréhende pas cette hétérogénéité. Il conviendrait donc d’évaluer la variabilité spatiale de la prédiction sur des biopsies virtuelles issues de pièces opératoires.

Jerôme Cros

Jérôme Cros

AP-HP

  • AP-HP – Nord – Université Paris Cité :
    • DMU DREAM (service d’anatomie pathologique).

Inserm

  • U1149 CRI – INDiD.

École d’ingénieur

  • EPITA
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